Zarząd Morskiego Portu Gdynia S.A. z mocy Art. 139 Ustawy Prawo Ochrony Środowiska (Dz.U.2001.62.627), jako zarządzający, ma obowiązek zapewnić na swoim obszarze przestrzeganie wymagań ochrony środowiska związanych z eksploatacją portu.
Obecnie, każdy podmiot funkcjonujący na obszarze portu handlowego posiada wszelkie wymagane polskim prawem środowiskowym zezwolenia.

Na terenie administrowanym przez Zarząd Morskiego Portu Gdynia S.A. został stworzony przez Spółkę System Zarządzania środowiskiem, który obejmuje następujący zakres zorganizowanych podsystemów działań:

System Zarządzania środowiskiem jest na bieżąco dostosowywany do wymagań nowych aktów prawnych w zakresie ochrony środowiska i gospodarki odpadami, dostosowujących polskie przepisy do Konwencji Międzynarodowych i prawa Unii Europejskiej.