Dobrą praktyka w Zarządzie Morskiego Portu Gdynia S.A. jest badanie standardów jakości gleby na terenach portowych. Wyniki badań stanowią załączniki do umów najmu i dzierżawy terenów oraz pozwalają szybko zidentyfikować przekroczenia standardów jakości gleby ujętych w rozporządzeniu Ministra Środowiska z dnia 9 września 2002 r. w sprawie standardów jakości gleby oraz standardów jakości ziemi (Dz. U. z 2002 r. nr 165, poz. 1359) wraz z ich sprawcą. Co za tym idzie w Porcie Gdynia obowiązuje zasada „zanieczyszczający płaci”.

Zarząd Morskiego Portu Gdynia S.A. regularnie co pięć lat dokonuje oceny czystości osadów dennych na terenie Portu Gdynia.

W roku 2003 badania te wykonano zgodnie z procedurą określoną w rozporządzeniu Ministra środowiska z dnia 16 kwietnia 2002r. w sprawie rodzajów oraz stężeń substancji, które powodują, że urobek jest zanieczyszczony (Dz. U. z 2002r. Nr 55, poz. 498). Zgodnie z zatwierdzonym przez Urząd Morski w Gdyni harmonogramem badań pobrano próby z 116 punktów i oznaczono stężenie poniższych substancji:

Zgodnie z rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 2 października 2007 r. w sprawie wymagań w zakresie prowadzenia pomiarów  poziomów w środowisku substancji lub energii przez zarządzającego drogą, linią kolejową, linią tramwajową, lotniskiem, portem (Dz. U. z 2007 r. nr 192, poz. 1392) w dniach od 30.11 do 04.12.2010 r. zostały wykonane pomiary hałasu w Porcie Gdynia przez firmę EKOLAB Sp. z o.o.
Pomiary zostały wykonane podczas normalnych prac załadunkowo - rozładunkowych oraz transportowych na terenie całego Portu Gdynia.