Dobrą praktyka w Zarządzie Morskiego Portu Gdynia S.A. jest badanie standardów jakości gleby na terenach portowych. Wyniki badań stanowią załączniki do umów najmu i dzierżawy terenów oraz pozwalają szybko zidentyfikować przekroczenia standardów jakości gleby ujętych w rozporządzeniu Ministra Środowiska z dnia 9 września 2002 r. w sprawie standardów jakości gleby oraz standardów jakości ziemi (Dz. U. z 2002 r. nr 165, poz. 1359) wraz z ich sprawcą. Co za tym idzie w Porcie Gdynia obowiązuje zasada „zanieczyszczający płaci”.

Ze względu na charakterystykę prowadzonej działalności na terenach portowych mierzone są w glebie stężenia zanieczyszczeń komunikacyjnych tj:

• benzyny,
• oleju mineralnego,
• węglowodorów aromatycznych (BTEX),
• wielkopierścieniowych węglowodorów aromatycznych (WWA),
• polichlorowanych bifenyli (PCB),
• metali ciężkich.

Na przeważającej części terenów Zarządu Morskiego Portu Gdynia S.A. stężenia metali ciężkich, benzyny, oleju mineralnego, węglowodorów aromatycznych (BTEX), wielkopierścieniowych węglowodorów aromatycznych (WWA), polichlorowanych bifenyli (PCB) są znacznie niższe od wartości dopuszczalnych stężeń w glebie lub ziemi określonych w załączniku do rozporządzenia Ministra Środowiska z dnia 9 września  2002 r. w sprawie standardów jakości gleby oraz standardów jakości ziemi (Dz. U. z 2002 r. nr 165, poz. 1359) dla gruntów zaliczanych do grupy C (terenów przemysłowych, użytków kopalnych, terenów komunikacyjnych).

W trakcie badań wód podziemnych oraz gruntów na terenie Westway Terminal Poland Sp. z o.o. zlokalizowanego na Nab. Indyjskim, w okolicach zbiorników melasy przy centralnej i wschodniej stronie stanowiska nalewczego cystern kolejowych, zostało stwierdzone silne zanieczyszczenie środowiska wodno – gruntowego olejem mineralnym (C12-C35), wielkopierścieniowymi węglowodorami aromatycznymi (WWA), węglowodorami aromatycznymi (BTEX) oraz benzyną. Po uzyskaniu decyzji Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Gdańsku od grudnia 2008 r. firma BAUER Umwelt GMbH prowadziła proces rekultywacji tego terenu, który zastał zakończony w maju 20011 r.

W roku 2011 Zarząd Morskiego Portu Gdynia S.A. przejął tereny przy budynku nieczynnej elektrociepłowni EC II (Gdynia II) na terenach dawnej Stoczni Gdynia. W wyniku standartowych badań jakości gleby, na pozyskanych terenach zostało stwierdzone przekroczenia substancji ropopochodnych. W chwili obecnej przeprowadzane są badania szczegółowe i opracowywany jest projekt rekultywacji dla tych terenów.